Con el correr de los años, la Asociación no pudo permanecer ajena a los vaivenes del país. Fue así que se desmembró como consecuencia de las persecuciones durante la última dictadura para refundarse, nuevamente en la ciudad de La Plata, en el año 1982 reiniciando así las actividades que hasta el día de hoy se continúan. Presidía entonces la comisión directiva el Dr. Luis Másperi. Ocupaba a quienes participaron de la refundación, aumentar el número y la calidad de las reuniones científicas, impulsar el intercambio con los países latinoamericanos vecinos, y lograr la reincorporación de los físicos argentinos en el exterior, tan numerosos como los que se encontraban en el país; y al mismo tiempo obtener un sensible incremento de los fondos destinados a la investigación, ya que los mismos habían sufrido un deterioro especialmente en los departamentos de física de las universidades. Todas estas preocupaciones se combinaban con el interés de esclarecer la situación de los colegas desaparecidos durante la dictadura cívico-militar.

La celebración del cincuentenario de la Asociación tuvo lugar en octubre de 1994 en la ciudad de Villa Giardino, en la provincia de Córdoba, para conmemorar aquella primera reunión del Núcleo de Física celebrada en el Observatorio Astronómico de Córdoba que fuera germen de la AFA.

Actualmente la AFA tiene representación local a través de múltiples Filiales a lo largo de todo el país, posee convenios internacionales con otras asociaciones y promueve actividades que aglutinan a quienes investigan en el área de la física. Enfoca la amplia diversidad de la investigación actual en física a través de varias Divisiones por especialidad, y entrega Premios a investigaciones de posgrado y grado destacadas, entre otras múltiples acciones de fomento y estímulo de esta disciplina. Además, dependen de la Comisión Directiva de AFA dos subcomisiones: la de Género y la de Estudiantes de Física, que desarrollan actividades vinculadas con dichas temáticas. La Asociación edita su propia revista, Anales AFA, creada en 1990 por iniciativa del Dr. Roberto Gratton; si bien originalmente la revista estaba directamente ligada a las reuniones de la Asociación Física Argentina, hoy recibe otras contribuciones durante todo el año y comprende números especiales, dedicados a congresos de distintas especialidades de la física. La AFA cuenta actualmente con el aporte de cerca de mil asociados en las categorías Activo y Estudiante, además de varias instituciones en calidad de Socio Protector, así como Socios Honorarios.

Los 80 años de la AFA encuentran a la Asociación en varias encrucijadas. La expansión experimentada en el sistema de universidades nacionales e institutos de CONICET nos plantea cómo llegar a esos nuevos lugares ya que el viejo sistema de filiales no es lo suficientemente flexible. Al mismo tiempo, dicha expansión ha incrementado las diferencias dentro de un sistema federal en nombre, pero no necesariamente en las acciones. El objetivo, varias veces enunciado, de tener más y mejores reuniones, ha sido satisfecho. Sin embargo nos ha dejado en una posición de gran vulnerabilidad en momentos en los cuales el financiamiento se vuelve escaso, insuficiente o completamente inadecuado. A pesar de tener Divisiones en temas como Física Médica e Industria y Tecnología, no se cuenta aun con vínculos institucionales claros con otros actores en esas áreas. El número de físicas y físicos trabajando en sectores de servicios o tecnológicos no académicos y/o públicos se ha incrementado, no así la relación de la Asociación con ellas y ellos.

En 1969, durante la cena de camaradería, llevada a cabo durante las celebraciones del 25 aniversario en la ciudad de La Plata, el Ing. Ernesto Galloni se refirió a los objetivos de la Asociación.

«… cuando se fundó la AFA no había transistores, ni láser, ni viajes a la luna, Hemos vivido con la AFA 25 años de apasionantes evoluciones de la ciencia. Deseemos que en los próximos 25 años los físicos argentinos sean cada vez en mayor medida, los actores en esta aventura de la mente humana.»

En una sociedad cada vez más compleja las físicas y físicos argentinos deberíamos aspirar no sólo a ser actores de la aventura de la mente, sino a ser actores del crecimiento tecnológico, de la producción económica, mientras contribuimos a erradicar violencias laborales, de género, prejuicios discriminatorios y recuperando el valor de la ciencia como generadora de bienestar y oportunidades para todas y todos. Nuestro sistema científico cuenta con muchos éxitos y premios, debemos festejarlos porque son obtenidos en un sistema con pocas ventajas con respecto a los sistemas de otros países. Pero dichos éxitos resonarán huecos si no contribuimos a fomentar y explicitar el papel de la ciencia y la tecnología en la producción de riqueza y bienestar. Las batallas culturales que buscan disminuir el rol de la ciencia, o el del papel del estado en su financiación, resultan retrógradas, pero han cobrado relevancia. Asumamos nuestro rol de investigadores, educadores y comunicadores para avanzar definitivamente en estos temas, y continuemos trabajando en pos de construir estas metas.